A la fecha, el financiamiento de las actividades de MEC, provino básicamente de Naciones Unidas, de fondos para proyectos cortos de urgencia, o para proyectos más largos de desarrollo. Estos fondos tienen siempre un destino específico, con una detallada descripción de las actividades a las que se destinarán esos recursos, y son siempre monitoreados y aprobados por la ONU.

No obstante, MEC no depende de las decisiones de Naciones Unidas, tiene autonomía sobre la decisión de dónde trabajar y de que manera hacerlo. Y, como toda fundación, recibe colaboraciones y donaciones de empresas y de particulares, sin ningún tipo de compromiso comercial, político, religioso o ideológico. El único compromiso es el de una gestión transparente de los fondos, que son enteramente destinados a aliviar el sufrimiento de los que más sufren, a través de la acción humanitaria.

Los presupuestos para las misiones, se financian básicamente con el aporte de las Organizaciones Internacionales. No obstante, en el caso de los Programas a desarrollar dentro del mismo, es menester obtener aportes de dinero, know-how, tecnología, comunicaciones y voluntarios, por parte de las Empresas, las cuales se convierten en socios indispensables para lograr un cambio social, mientras cumplen sus objetivos comerciales.